黃埔軍校早期的組織機構編制，設總理、校長(cháng)和黨代表，組成校本部最高領(lǐng)導。校本部之下設政治部、教授部、訓練部、軍需部、管理部和軍醫部。1924年11月增設教育長(cháng)和參謀處、軍法處，合稱(chēng)6部2處。先后以胡謙、王柏齡、鄧演達、何應欽、方鼎英等任教育長(cháng)，政治部主任周恩來(lái)兼任軍法處處長(cháng)，錢(qián)大鈞任參謀處處長(cháng)。

　　1926年3月，為適應發(fā)展需要，集中統一培養軍事政治人才，軍校改組為“中央軍事政治學(xué)?！?，屬?lài)顸h中央軍事委員會(huì )領(lǐng)導。除政治部、教授部和訓練部仍舊外，軍醫部改軍醫處，管理部改管理處，設入伍生部、經(jīng)理部、軍械處、編譯處、兵器研究處和高級班，合稱(chēng)5部5處1班。并設副校長(cháng)，由李濟深升任。增設的入伍生部，部長(cháng)為方鼎英，下設步兵第1團、第2團、騎兵營(yíng)、炮兵營(yíng)、工兵營(yíng)、輜重營(yíng)、軍士教導隊、學(xué)生軍總隊、教官、第1科、第2科、政治部等；增設的經(jīng)理部，主任為俞飛鵬，下設財政、糧服、采辦、營(yíng)繕等科；增設的軍械處，處長(cháng)為戴仁，下設軍械庫、護車(chē)隊、械務(wù)科、事務(wù)科等；增設的編輯處，處長(cháng)為孔慶睿，下設印刷所；增設的高級班，下設軍事科、各專(zhuān)科；增設的兵器研究處，下設化學(xué)科、機械科。學(xué)生則分為入伍生、學(xué)生隊、學(xué)生軍、高級班和軍事教導隊5大類(lèi)。這些新設的部門(mén)和機構組織，在當時(shí)都是一般舊式軍校機構所罕見(jiàn)的。

　　軍校頒行的機構組織表明確規定，?？偫硎擒娦Ｗ罡哳I(lǐng)導，統理一切。校長(cháng)在?？偫碇绿幚砀黜椥?wù)事宜。黨代表作為國民黨的代表，由?？偫砦?，對校長(cháng)實(shí)行監督和指導一切，督使軍校人員遵行革命政策。凡屬軍校文書(shū)、命令，沒(méi)有黨代表附署一律無(wú)效。教育長(cháng)秉承校長(cháng)、黨代表之命，執行領(lǐng)導職權，管理日常校務(wù)。在校屬各部中，以政治部、教授部和訓練部最為重要。政治部掌管政治教育、黨務(wù)活動(dòng)和宣傳活動(dòng)；教授部掌管軍事理論的學(xué)科教育；訓練部掌管軍事技術(shù)的術(shù)科訓練。其余各部門(mén)也有相應的具體職責，以配合軍校教學(xué)和作戰等各項任務(wù)的順利進(jìn)行。

　　黃埔軍校建校以“三民主義”為軍魂，很快就成為全國軍事精英云集之地，尤其是校內機構組織以設黨代表、政治部和教導團最為鮮亮突出，令人耳目一新。由于國共兩黨的共同努力和蘇聯(lián)政府在多方面的大力幫助，黃埔軍校迅速發(fā)展成為組織機構嚴密、體制編制健全、有相當規模的軍事學(xué)校。隨著(zhù)招生數量的擴大，組織機構日漸健全和龐大。各級官佐、教官、職員在建校之初第一期時(shí)僅有48人，到1926年底第四期學(xué)員畢業(yè)時(shí)已增加到340多人。這些人員所在的機構組織是黃埔軍校的骨骼，構架了軍校教學(xué)體制的大廈，擔負著(zhù)培育將帥之才的重任。

　　機構規模日漸龐大的黃埔軍校各級組織，從1924年夏到1927年春，為時(shí)不過(guò)3年，就進(jìn)入全盛時(shí)期。據方鼎英《中央軍事政治學(xué)校概述》一文中的統計，到1927年3月，僅在本校直屬的教官、學(xué)生、學(xué)員和戰士就有2萬(wàn)余人（已畢業(yè)學(xué)生及分校師生尚不在內）。黃埔軍校已經(jīng)成為國共兩黨共同培養軍事政治人才的大本營(yíng)。1936年版《中央陸軍軍官學(xué)校史稿》第3篇，對軍校初創(chuàng )時(shí)期及中期的機構專(zhuān)門(mén)作了記載（《黃埔軍校史料》，第97～100頁(yè)，廣東人民出版社，1982）。

　　1929年7月，軍校采用委員制，同時(shí)改編機構：校長(cháng)辦公廳改為總辦公廳；教授、訓練兩部改并為教育處；管理處改為總務(wù)處；軍械處改為軍械科；編譯處改為編譯科；政治訓練處改隸校本部；經(jīng)理、軍醫兩處不變。后來(lái)的南京、成都時(shí)期軍校機構組織雖然有所變動(dòng)，但基本上維持了原有的大架構，僅是個(gè)別部門(mén)根據教學(xué)需要進(jìn)行了增減和完善。

　　軍校組織機構發(fā)展到成都時(shí)期，規格和規模都有所減小。校長(cháng)、教育長(cháng)負責制領(lǐng)導下的主要機構有5大處6大科：訓導處、教育處、副官處、經(jīng)理處、軍醫處；步兵科、騎兵科、炮兵科、工兵科、輜兵科、通訊科，還有勤務(wù)團、黃埔日報社等。

　　綜合各種資料，黃埔軍校歷史上的主要機構組織有以下8大組成部分：

　?。?）校本部

　　校本部是黃埔軍校的最高領(lǐng)導機關(guān)，直屬于國民黨中央執行委員會(huì )。在軍校初建時(shí)，校本部由?？偫韺O中山、校長(cháng)蔣介石、黨代表廖仲愷組成。校長(cháng)蔣介石統領(lǐng)全校，校長(cháng)辦公室的中文秘書(shū)是張家瑞，英文秘書(shū)先后是王登云、張靜愚、陳立夫。黨代表廖仲愷負責監察行政、指導黨務(wù)和主持政治訓練事項。1926年增設副校長(cháng)，由李濟深擔任。1925年3月孫中山逝世后，軍校沒(méi)有再設?？偫?；8月廖仲愷被刺后，由汪精衛任黨代表。

　　初創(chuàng )時(shí)期，軍校各部門(mén)機構設置相對簡(jiǎn)單，以后日臻完善。校長(cháng)蔣介石從保定軍校、云南、廣東、浙江的陸軍講武堂、江西海陸軍講武堂、日本陸軍士官學(xué)校中挑選了很多人員，到黃埔軍校任職。國共兩黨都派出了一批重要干部參加軍校工作。校本部作為校長(cháng)、副校長(cháng)、教育長(cháng)處理事務(wù)的機關(guān)，人員逐漸增多，內設秘書(shū)長(cháng)、顧問(wèn)、隨從副官若干員，校長(cháng)辦公室擴展為校本部辦公廳，還有總務(wù)、人事、軍法3科。秘書(shū)處附設電務(wù)室，總務(wù)處附設調查股。校本部辦公廳負責人事、薪酬、財會(huì )和運輸交通等事項。各部門(mén)和分校的報告呈校本部辦理的，即交校本部辦公廳和秘書(shū)處處理。

　　校本部最初下設政治、教授、訓練、管理、軍需、軍醫６個(gè)部，不久就有較大的調整。除原來(lái)的政治、教授、教練3部不變外，增設入伍生部、經(jīng)理部、軍法處、參謀處，改軍醫部為軍醫處、軍需部為管理處，后又增軍械處，編輯處、兵器研究處、俱樂(lè )部、軍械庫、醫院等。全校各種機構約40余個(gè)，組織逐漸完善，規模龐大。入校學(xué)習的學(xué)生、學(xué)員，也分為入伍生總隊、學(xué)生隊、學(xué)生軍、高級班、軍事教導隊、無(wú)線(xiàn)電高級班等，各期情況有時(shí)也并不相同。

　　軍校廣州時(shí)期后期、南京時(shí)期前期，校本部通常下轄5部5處1班：教授部（教官科、圖書(shū)室、模型室、學(xué)生隊），訓練部（學(xué)生隊），政治部，經(jīng)理部，入伍生部，管理處，軍械處（軍械庫、護庫隊、械物科、事務(wù)科、修械工場(chǎng)），軍醫處，編輯處（印刷所），兵器研究處（化學(xué)科、機械科），高級班（軍事科、各專(zhuān)科）。還有直屬單位3科1處：總務(wù)科（含調查股）、人事科、軍法科、秘書(shū)處（含電務(wù)室）。南京時(shí)期后期和成都時(shí)期，軍校機構在此基礎上又有一些反復變化，總體上是合并和縮編減員，降低規格。

　?。?）訓練部

　　訓練部是黃埔軍校機構中首屈一指的大部，人員眾多。建校之初，組織機構教學(xué)分工：分管軍事學(xué)科和術(shù)科的兩個(gè)部門(mén)分別稱(chēng)為教授部和教練部，簡(jiǎn)單的說(shuō)就是一個(gè)分管課堂，一個(gè)分管操場(chǎng)（戶(hù)外訓練和演習）。1925年1月30日，教授、教練二部合并為教育部，后又改稱(chēng)訓練部。其后，兩部反復分與合，并改名稱(chēng)，到成都后期時(shí)的名稱(chēng)為訓導處和教育處。

　　軍校初創(chuàng )時(shí)期的教授部以王柏齡為主任，葉劍英為副主任；以顧祝同、劉峙、錢(qián)大鈞、陳誠、嚴重、陳繼承等為軍事教官，何應欽為軍事總教官。此外，還聘請了一批蘇聯(lián)軍事顧問(wèn)，鮑羅廷為總顧問(wèn)，加侖將軍等幾十名蘇聯(lián)軍官擔任顧問(wèn)或教員。教練部以李濟深為主任，鄧演達為副主任。下設學(xué)生總隊，鄧演達、嚴重等先后任總隊長(cháng)；總隊下設若干隊、區隊，負責學(xué)員的訓練與管理。學(xué)科分步兵、炮兵、工兵、輜重兵、政治等，學(xué)制為６個(gè)月。

　　廣州時(shí)期后期、南京時(shí)期，訓練部通常下轄：教官第1、第2科，各學(xué)生隊、學(xué)員隊。第1學(xué)生隊：第1隊（第1區隊至第4區隊），第2隊（第5區隊至第8區隊），第3隊（第9區隊至第12區隊），第4隊（第13區隊至第16區隊）。第2學(xué)生隊：第5隊（第17區隊至第20區隊），第6隊（第21區隊至第24區隊），第7隊（第25區隊至第28區隊），第8隊（第29區隊至第32區隊）。第3學(xué)生隊：第9隊（第33區隊至第34區隊），第10隊（第35區隊至第36區隊）。第4學(xué)生隊：第11隊（第37區隊至第38區隊），第12隊（第39區隊至第40區隊）。第5學(xué)生隊：第13隊（第41區隊至第43區隊），第14隊（第44區隊至第46區隊），第15隊（第47區隊至第49區隊）。第6學(xué)生隊：第16隊（第50區隊至第51區隊），第17隊（第52區隊至第53區隊）。還有3個(gè)學(xué)員隊（分為9個(gè)中隊、18個(gè)區隊），以2個(gè)區隊為1個(gè)中隊，3個(gè)中隊為1個(gè)學(xué)員隊。這個(gè)隊別編制表，是黃埔同學(xué)常常津津樂(lè )道的“尋根”入校路線(xiàn)圖。

　　成都時(shí)期，軍校原訓練部的職能由訓導處、教育處承擔，學(xué)生分屬各總隊，總隊下設大隊、中隊、區隊，機構編制與前期學(xué)生隊基本相同。

　?。?）政治部

　　政治部的職能是掌管全校政治教育、黨務(wù)和宣傳。政治部設主任、副主任。主任承校長(cháng)、黨代表或副校長(cháng)之命，教育長(cháng)之指導，受?chē)窀锩娍偹玖畈空尾恐魅沃笓]、監督，負責全校的政治教育和政治工作。政治部機關(guān)有秘書(shū)輔助主任及副主任，督促全部部務(wù)工作。黃埔軍校在廣州時(shí)期后期、南京時(shí)期，政治部下設：編譯委員會(huì )，政治指導員，教官，總務(wù)科（財務(wù)股、事務(wù)股），宣傳科（編纂股、發(fā)行股、指導股、俱樂(lè )部、圖書(shū)館、書(shū)報流通所），黨務(wù)科（組織股、調查統計股）。在政治教官中，政治主任教官受政治部主任及副主任指揮，監督同各教官負責實(shí)施政治教育，政治教官輔助政治主任教官，分別擔任政治課程教學(xué)。

　　黃埔軍校初期，先后以戴季陶、邵元沖、周恩來(lái)、汪精衛、邵力子、熊雄等為主任，張崧年（申府）、魯易等為副主任，汪精衛、胡漢民、邵元沖、于樹(shù)德、蕭楚女、張秋人、安體誠、李合林、高語(yǔ)罕等為政治教官，惲代英為政治主任教官，甘乃光、聶榮臻為政治部秘書(shū)。政治部正、副主任之下設秘書(shū)，秘書(shū)之下設宣傳、組織、總務(wù)3科。至1926年3月，政治部職員達70余人，聘定專(zhuān)任政治教官和臨時(shí)政治教官各10余人。

　　軍校政治部的職能在南京時(shí)期由政治訓練處承擔，在組織機構上已經(jīng)不能單獨立部。軍校成都時(shí)期，有段時(shí)間政治部有過(guò)擴編，但很快又被弱化，政治教育內容并入訓導處。

　?。?）經(jīng)理部

　　軍校初創(chuàng )時(shí)期的經(jīng)理部機構比較單一，由軍?；I備處經(jīng)費組發(fā)展而來(lái)，最初甚至是由校黨代表廖仲愷直接負責，再加數名籌集經(jīng)費的會(huì )計、財務(wù)人員組成。軍校廣州后期的經(jīng)理部較為完善，通常下轄：財政科（會(huì )計股、金柜股、審核股），糧服科（給養股、被服股、器具股），采辦科（購置股、計核股），營(yíng)繕科（計造股、電燈廠(chǎng)），另外直屬第1、第2、第3經(jīng)理事務(wù)所。軍校歷經(jīng)廣州、南京、成都各時(shí)期，其他機構部門(mén)反復改換“門(mén)庭”招牌，或合并或撤銷(xiāo)，唯經(jīng)理、軍醫兩個(gè)部門(mén)仍獨立存在，經(jīng)理部由“部”改稱(chēng)“處”。

　?。?）入伍生部

　　軍校廣州后期、南京時(shí)期的入伍生部，通常下轄：步兵第1團（第1營(yíng)第1連至第4連、第2營(yíng)第5連至第8連、第3營(yíng)第9連至第12連、機關(guān)槍連），步兵第2團（第1營(yíng)第1連至第4連、第2營(yíng)第5連至第8連、第3營(yíng)第9連至第12連、機關(guān)槍連），騎兵營(yíng)（第1連至第3連），炮兵營(yíng)（第1連至第3連），工兵營(yíng)（第1連至第3連），輜重營(yíng)（第1連至第3連），軍士教導隊（第1大隊第1中隊至第3中隊、第2大隊第4中隊至第6中隊、第3大隊第7中隊至第9中隊、特科大隊），學(xué)生軍總隊（第1大隊第1中隊至第3中隊、第2大隊第4中隊至第6中隊、第3大隊第7中隊至第9中隊、第4大隊），教官，第1科（第1、第2、第3股），第2科（第1、第2、第3、第4股），政治部（宣傳科、總務(wù)科、黨務(wù)科、各團營(yíng)隊指導員）。這一體制編制，延續到成都時(shí)期，僅是學(xué)生軍總隊、各科室有所變動(dòng)。

　?。?）管理處

　　軍校各時(shí)期的管理處，一般下轄：特務(wù)營(yíng)（第1至第13連、機關(guān)槍連），電話(huà)隊，號兵教練所，軍樂(lè )隊，陸軍監獄，消防隊，馬廄，第1科（庶務(wù)科含運輸隊等、會(huì )計股轄物品庫、收發(fā)股），第2科（交通股、駐省辦事處）。管理處還有一些下屬單位，不同時(shí)期因教學(xué)任務(wù)需要而有增設和撤編。軍校成都時(shí)期，改為管理科，直接隸屬校本部辦公廳。

　?。?）軍醫處

　　軍校各時(shí)期的軍醫處，一般下轄：醫務(wù)科（檢診股、綜合股），衛生科（防疫股、材料股），陸軍醫院，療養所，衛生隊，醫務(wù)所，腳氣病院，診察室。

　?。?）教導團

　　教導團是軍校初創(chuàng )時(shí)的校屬武裝組織，這支新型的革命武裝，屬校部參謀處管理，歸校本部直接指揮，稱(chēng)為校軍。這支武裝，一方面擔負警衛軍校的任務(wù)，服務(wù)于軍校學(xué)員，配合訓練；另一方面也用于作戰。軍校發(fā)展到后期，原教導團演化為勤務(wù)團。

　　1924年10月，黃埔軍校創(chuàng )設兩個(gè)教導團，第1團團長(cháng)何應欽，第2團團長(cháng)王柏齡。每團轄3個(gè)營(yíng)，每營(yíng)轄3個(gè)連，每連轄3個(gè)排，始創(chuàng )中國軍隊“三三制”。另每團有機槍連、特務(wù)連、偵探連、輜重隊、衛生隊。團部仿蘇聯(lián)紅軍建制設團長(cháng)、黨代表和參謀長(cháng)。團、營(yíng)、連均設黨代表。團以下不設參謀長(cháng)。指揮官與黨代表分管所屬部隊的軍事與政治工作。教導團發(fā)展很快，組建幾個(gè)月后就擴大成為2個(gè)師，到1925年7月又擴編為1個(gè)軍，即國民革命軍第1軍，蔣介石、何應欽先后任軍長(cháng)，廖仲愷、汪精衛任黨代表，周恩來(lái)任軍政治部主任。團的各級指揮官、黨代表和班、排戰斗骨干都由黃埔軍校教官、學(xué)生隊長(cháng)和畢業(yè)生擔任。不少共產(chǎn)黨員、共青團員擔任教導團的黨代表和排、連、營(yíng)長(cháng)，在戰斗中起先鋒骨干作用。這支革命武裝在戰斗中迅速成長(cháng)和發(fā)展，為當年的國民革命軍奠定了武力基礎。

　　黃埔軍校的內設機構，除本校以上8大部分之外，因軍校日漸擴大，師生日眾，還在各地增設分校。最初以校舍不足，在黃埔島本校附近設平崗分校、蝴蝶崗分校，進(jìn)而到廣州市內設省分校。這時(shí)的分校純屬分開(kāi)駐地、分區上課性質(zhì)，沒(méi)有專(zhuān)門(mén)機構，仍歸本校直接管理。1925年校軍舉行東征，黃埔師生隨軍上課，正式首設分校于潮州，命名潮州分校。設分校長(cháng)、黨代表、教育長(cháng)以及政治部、特別黨部等機構。不久，又增設了南寧分校、武漢分校、長(cháng)沙分校等。各分校均就地招收學(xué)生進(jìn)行培養和訓練，其機構基本上是縮微本校。